Setelah terancam punah di tangan penjajah asing disebut Zentradi, manusia melakukan tugas menjamin dirinya masa depan dengan meluncurkan armada kapal koloni ke ruang angkasa. Pada Macross Frontier, satu armada tersebut, kehidupan siswa SMA Saotome Alto adalah berubah selamanya: armada tiba-tiba diserang oleh makhluk tak dikenal saat ia sedang melakukan stunts udara untuk konser oleh idola sangat populer Sheryl. Alto cepat menemukan dirinya dalam kokpit baru-model tempur berjuang untuk melindungi Ranka Lee, seorang gadis muda ia bertemu hanya beberapa jam sebelumnya, dari petak penjajah ‘dari kehancuran. Memperhatikan penampilannya dalam insiden ini, SMS Skull Skuadron perusahaan militer swasta mengundang Alto untuk bergabung dengan organisasi mereka, di mana ia terus melindungi teman-temannya dan Macross Frontier.