Profesor Hershel Layton seorang arkeolog terkenal, pemecah teka-teki, dan lelaki yang luar biasa dan muridnya yang bernama Luke Triton, menerima surat misterius dari mantan muridnya Janice Quatlane yang berisi tiket untuk opera di Crown Petone. Mereka segera menemukan bahwa itu bukan opera biasa, melainkan permainan yang cerdik bagi Fountain of Youth yang legendaris (pemberi kehidupan kekal). Namun, ini hanya menggores permukaan misteri yang sedang berlangsung yang harus dipecahkan bersama untuk bertahan hidup. Meskipun menghadapi teka-teki yang rumit dan persaingan yang ketat, Profesor Layton dan asistennya, Lukas tidak pernah lupa untuk menegakkan standar pria sejati… dan seorang pria sejati tidak pernah meninggalkan teka-teki yang belum terpecahkan.