Izumi Shinichi yang berumur 17 tahun tinggal bersama ibu dan ayahnya di lingkungan yang tenang di Tokyo. Suatu malam, alien seperti cacing disebut Parasyte menyerang Bumi, mengambil otak manusia dengan masuk melalui telinga atau hidung mereka. Salah satu Parasyte mencoba untuk merangkak ke telinga Shinichi saat ia tidur, tapi gagal karena dia memakai headphone, dan memasuki tubuhnya dengan menggali ke dalam lengannya sebaliknya, mengambil alih tangan kanannya dan bernama Migi. Karena Shinichi mampu mencegah Migi masuk lebih jauh dalam otaknya, kedua makhluk mempertahankan kecerdasan serta kepribadian masing-masing dalam satu tubuh. Karena pasangan itu harus berhadapan dengan parasythe lainnya, mereka memanfaatkan situasi aneh mereka dan secara bertahap membentuk ikatan yang kuat, bekerja sama untuk bertahan hidup. Ini memberi mereka keunggulan dalam memerangi Parasytes lain, yang sering menyerang setelah mengetahui bahwa otak manusia Shinichi masih utuh. Shinichi merasa harus melawan Parasytes lain, yang memakan manusia sebagai makanan, meskipun dengan bantuan Migi.