Isana Yashiro, kehidupan yg dijalaninya biasa-biasa saja. Dia tinggal di sebuah kota canggih, Sizume. Dia bersekolah di SMA Ashinaka, SMA terkemuka yang terletak di sebuah pulau di luar daerah. Yashiro ramah dengan semua orang. Tak ada yang tampak aneh tentang dirinya. Sejak tragedi pembunuhan Tatara Totsuka, anggota dari HOMRA (Homura atau disebut Klan Merah) yg terkenal. Tidak ada yang tahu siapa sebenarnya yang membunuhnya, tetapi video yg berhasil direkam oleh si Totsuka sendiri sebelum meninggal menunjukkan orang yang sangat mirip dengan Yashiro. Setelah mencari ke mana-mana akhirnya ketemu juga orang tersebut, Yashiro dikejar-kejar oleh para anggota HOMRA untuk dipertanggungjawabkan perbuatannya (untuk membunuhnya). Tetapi Yashiro tidak mau mengakuinya.