Anime ini mengambil setting di tahun 1937 pada malam Perang Dunia II, cerita anime ini melibatkan organisasi pelatihan mata-mata misterius yang dikenal sebagai “D Agency.” Organisasi ini didirikan oleh Letnan Kolonel Yuuki dari Tentara Kekaisaran Jepang. Cita-citanya menuntunnya untuk merekrut orang luar lulusan akademi militer dan personil, dan melatih prajurit untuk menjadi agen terampil dalam seni manipulasi. Agen ini akan menjadi tim khusus untuk melakukan operasi. Salah satu agen antihero tersebut, di bawah nama Jirou Gamou, melanjutkan misi mengerikan untuk mengungkap dokumen rahasia berjudul “Black Notes,” mereka berjuang melawan pasukan dari dalam dan tanpa jajaran sendiri.