Inazuma Eleven Go Choro Stone menceritakan petualangan perjalanan waktu. Karakter utama adalah Tenma Matsukaze dari anime Sebelas sebelumnya Inazuma GO, dan ia bergabung dengan Fei Ruun, seorang anak yang datang dari masa depan. Ada juga Clark “Wandaba” Wandabatto, sebuah android dalam bentuk boneka beruang. Wandaba wields “Gun Miximax” dapat mentransfer aura pemain yang lain, sehingga memberikan satu pemain kekuatan dari kedua pemain. Cerita diatur setelah akhir final turnamen Jalan Kudus dari Inazuma Eleven GO anime pertama, dan kembali Tenma ke Sekolah Raimon SMP.

Namun, ini bukan Raimon yang Tenma ingat, dan anggota tim Raimon tidak lagi bermain sepak bola. Tenma menyadari bahwa ini adalah dunia paralel ketika Alpha, kapten dan maju dari tim Omega Protokol, muncul di depannya. Alpha merupakan bagian dari proyek rahasia di masa depan untuk menghapus sepak bola. Untuk membantu Tenma dalam petualangan nya, Inazuma Caravan van terlihat di anime sebelumnya Sebelas Inazuma telah dimodifikasi menjadi mesin waktu terbang.