Hundred adalah merupakan satu-satunya senjata yang mampu mengalahkan “Savage”, mahluk misterius yang mengancam bumi. Untuk menjadi Slayer (seseorang yang dapat menggunakan Hundred). Karakter utama Kirasagi Hayato, berambisi untuk menjadi Guru Seni Bela Diri yang menggunakan Hundred. Dia akhirnya berhasil masuk ke universitas perang Little Garden. Namun, disana ia bertemu teman sekamarnya bernama Emil Crossford, yang entah bagaimana mengetahui seluk beluk Hayato dengan baik. Hayato tidak mengenal gadis yang mengaku bernama Emil Crossford itu, namun teman sekamarnya itu mengaku mengenal Hayato dari suatu tempat. Segera setelah memasuki sekolah, ia pun ditantang berduel dengan Ratu Claire Harvey, slayer terkuat di Little Garden.