Tinggal di laut, melindungi laut, dan melakukan perjalanan melintasi laut… Mereka adalah Blue Mermaid! Karena pergeseran lempeng tektonik sekitar 100 tahun yang lalu, Jepang kehilangan banyak wilayah. Untuk melestarikan wilayah Jepang,satu demi satu kota-kota pesisir bermunculan. Akhirnya, mereka menjadi kota laut, dan bersama dengan perluasan jalur laut untuk menghubungkan mereka, karena itu dibutuhkan banyak karyawan untuk melindungi laut. Pada saat yang sama, pekerjaan maritim menjadi lebih populer di kalangan wanita. Oleh karena itu, Blue Mermaid, bertugas menjaga laut yang aman, telah menjadi pekerjaan impian setiap wanita. Ini adalah cerita ketika teman-teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka Cina mendaftarkan diri di sebuah SMA laut di Yokosuka, bersama dengan gadis-gadis lain yang bertujuan menjadi Blue Mermaid.