Bercerita tentang Kamizaka Haruhi yang telah diselamatkan oleh seorang oenyihir saat dirinya masih kecil. Karena hal tersebut dia memiliki cita-cita ingin menjadi seorang penyihir dan membantu orang lain seperti para “Mahaou Shoujo”. Pada akhirnya dia masuk kesebuah sekolah yang membagi dalam dua kelas yaitu kelas Reguler (kelas yang mempelajari hal pada umumnya) dan kelas Khusus Penyihir (Kelas khusus pelajaran penyihir). Bersama dengan saingannya yang juga sahabat dekat nya Hiiragi Anri, mereka belajar sihir bersama-sama supaya bisa menjadi penyihir yang pro. Dia juga ingin mencari orang yang sudah menyelamatkannya dan ingin dia kasih sebuah coklat tanda terimakasih dan sayang nya pada orang tersebut.