Kelanjutan dari Grisaia no Kajitsu, Saat ini Yuuji ternyata sedang ditahan karena dicurigai memiliki hubungan dengan organisasi teroris internasional yang dipimpin oleh Heath Oslo, yang berhasil melewati perbatasan Jepang dengan membawa sebuah senjata pemusnah massal yang berbahaya. Di akademi Mihama, para siswi yang tersisa menemukan bahwa waktu mereka menipis, karena masalah finansial dan sekolah akan ditutup dalam waktu setahun.