Kelanjutan dari movie pertama. Musim panas terakhir, abad ke-20. Hari itu, manusia belajar bahwa mereka bukanlah satu-satunya penguasa planet bumi ini setelah kemunculan makhluk raksasa “Kaijuu”, makhluk yang dapat memusnahkan segalanya, yaitu Godzilla. Umat manusia yang selama setengah abad mengalami kekalahan dalam pertempuran melawan kaijuu, akhirnya berencana untuk meninggalkan Bumi. Pada tahun 2048, mereka yang terpilih oleh A.I. yang di bawah kendali pemerintah pusat telah melakukan perjalanan antar-sidereal “Aratrum” menuju “Tau Cetus e”, planet luar yang berjarak 11,9 tahun cahaya. Namun, perjalanan selama 20 tahun yang telah ditempuh tidak sepadan dengan apa yang telah diprediksikan sebelumnya, karena kondisi lingkungan Tau e yang sangat berbeda dengan Bumi.