Bercerita tentang seorang samurai konyol yang bernama Sakata Gintoki (karena kata “Gin”-nya lah judul animenya jadi Gintama) pada zaman Bakufu (julukan pemerintahan feodal di Jepang pada masa lalu), dengan setting fiksi ilmiah dengan tambahan makhluk-makhluk luar angkasa yang datang untuk mengeksplorasi kekayaan bumi Edo (nama lama Tokyo). Gintoki yang akhirnya bertemu dengan Shinpachi, anak dari almarhum seorang samurai, dan Kagura, anggota dari ras terkuat di jagat raya, Klan Yato, mendirikan Yorozuya (agensi yang menerima pekerjaan apa saja, singkatnya sebagai pekerja serabutan). Hidup konyol mereka akhirnya bermula, gaya hidup yang sangat aneh hingga singgungan mereka terhadap anime-anime lain, bahkan tokoh selebriti atau pun tokoh politik di Jepang pun mereka parodikan. Anime ini 80% berisi komedi/lelucon, sisanya, 20%, baru berfokus pada jalan cerita.