Akhir-akhir ini banyak terjadi tsujigiri (pembunuhan) di kota Edo, dan tampaknya Katsura juga menjadi salah satu korbannya. Elizabeth yang sedang kebingungan datang meminta pertolongan ke tempat Gintoki, Shinpachi, dan Kagura. Di lain pihak, Gintoki disewa oleh keluarga Murata untuk mencari keberadaan Benizakura, pedang turun temurun keluarga Murata yang hilang dari tempat penyimpanannya. Dalam usahanya mencari keberadaan Katsura dan Benizakura, Gintoki dan Kagura terlibat dalam rencana jahat Kiheitai untuk menghancurkan Edo. Selain itu Gintoki dan Katsura tanpa diduga bertemu kembali dengan sahabat sejak kecil dan teman seperjuangan mereka sekaligus adalah pemimpin Kiheitai, yaitu Takasugi Shinsuke.