Tidaklah mudah untuk hidup dibawah pemerintahan Jepang pada saat itu… apalagi saat alien berhasil mendarat dan menguasai semuanya!. Bahkan ditambah lagi dengan munculnya kebijakan yang melarang untuk memiliki senjata pedang, yang akhirnya menyebabkan banyak samurai yang berahli profesi untuk mencari pekerjaan lain. Keadaan itu pun, dirasakan oleh salah satu mantan samurai Gintoki Sakata, untuk memenuhi kebutuhan sehari – harinya akhirnya ia membuka jasa freelance, dengan mengambil semua jenis pekerjaan dan menyelesaikannya untuk mendapatkan upah dari hasil kerjanya. Tapi dengan munculnya diskriminasi dari bangsa alien kepada umat manusia dan lemahnya kekuatan shogun untuk melawan invansi bangsa alien tersebut, tentu saja sebagai mantan samurai, jiwa bertarungnya tidak padam begitu saja.