Amaumi Haruhiko adalah seorang siswa SMA yang sekolah di akademi Shimano yang terletak di sebuah kota Narasakicho. Narasakicho berisi pelangi yang tidak diketahui kemunculannya dan berhubungan dengan pemberian keinginan ajaib yang disebut “Hadiah”. Hadiahnya berupa hadiah sekali dalam seumur hidup. Sebagai seorang anak, Haruhiko telah dekat dengan teman masa kecilnya Kirino, sampai dia memperoleh adik baru yang bukan sedarah bernama Riko. Haruhiko mengembangkan tugas yang berat bersama Riko karena ayahnya tidak bisa menghidupi mereka berdua. Setelah beberapa saat, Riko akhirnya kembali ke kota Narasakicho, dan bersama dengan Kirino, mulai masuk ke akademi Shimano dengan Haruhiko. Serial ini berkisah tentang hubungan di antara 2 heroine utama dan perlahan-lahan mengungkapkan cerita di balik Hadiah dan pelangi.