Pada tahun 2027, satu tahun setelah akhir Perang Dunia IV, bom telah meledak di Newport City, menewaskan seorang dealer utama senjata yang mungkin memiliki hubungan dengan Organisasi misterius 501. Asosiasi Keamanan Daisuke Aramaki mempekerjakan seluruh penghuni dunia maya prostesis dan para hacker yang luar biasa, Motoko Kusanagi, untuk menyelidiki.