Cerita anime ini diatur saat tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih belum pulih dari akibat perang saat pemboman. Kemudian, anggota militer yang terlibat dalam penyuuapan senjata yang ditembak mati. Selama pemeriksaan, Bagian Keamanan Publik Daisuke Aramaki melakukan pertemuan dengan Motoko Kusanagi, hacker cyborg tingkat tinggi yang ditugaskan untuk unit 501 Satuan Rahasia militer. Batou, seorang pria dengan “mata yang tidak pernah tidur,” mencurigai bahwa Kusanagi adalah orang di belakang pengeboman. Motoko dirinya sedang diawasi oleh kepala Rahasia Unit 501 Kurutsu dan agen cyborg.