Musim kedua dari seri Gate. Pada bulan Agustus tahun 2020, portal ke dunia paralel, yang dikenal sebagai Gate, tiba-tiba muncul di Ginza, Tokyo. Monster dan pasukan keluar dari portal, mengubah distrik perbelanjaan menjadi neraka penuh darah. Angkatan Pertahanan Jepang (JGSDF) sendiri segera mengambil tindakan dan mendorong makhluk fantasi tersebut kembali ke Gate. Untuk memfasilitasi negosiasi dan mempersiapkan diri untuk pertarungan mendatang, JGSDF mengirim Tim Pengintai Ketiga ke “Daerah Istimewa” di sisi lain dari Gerbang. Youji Itami, petugas JSDF yang juga otaku berumur 33 tahun, diangkat sebagai pemimpin tim.