Ponyo adalah anak ikan yang tinggal di laut. Pada suatu hari, dia memutuskan untuk pergi dari rumahnya dan bertualang ke dunia luar. “Sousuke” tinggal di rumah yang ada di atas tebing. Dia menemukan Ponyo di pantai, lalu dia menyelamatkan Ponyo dan mereka menjadi sahabat karib. Namun, Ponyo ditangkap oleh ayahnya, Fujimoto dan dipaksa untuk kembali ke rumahnya. Ponyo yang ingin menjadi manusia dan tinggal bersama Sousuke mencuri obat sihir milik ayahnya dan berusaha untuk kembali ke rumah Sousuke. Ponyo akhirnya berhasil menjadi manusia dan kembali tinggal bersama Sousuke namun terkena kutukan. Kutukan itu adalah, Ponyo akan hilang menjadi busa jika Sousuke memiliki perasaan kepada wanita lain.