Mengambil latar di dunia fiksi dimana ilmu alkimia menjadi cabang pengetahuan yang berkembang pesat. Ilmu alkimia sendiri berlandaskan pada hukum equivalent exchange, yaitu untuk menciptakan sesuatu maka harus dibayar dengan sesuatu yang senilai. Cerita dimulai ketika dua bersaudara bernama Ed & Al mencoba menghidupkan kembali ibunya yang telah mati melalui proses transmutasi manusia. Untuk menghidupkan manusia, tentu saja bayarannya tidak murah. Ed harus rela kehilangan tangan kanan dan kaki kirinya sementara Al harus rela kehilangan seluruh tubuhnya. Dan parahnya lagi, percobaan mereka GAGAL TOTAL. Ibunya tidak bisa dihidupkan kembali. Itu lah azab yang pantas bagi mereka yang mencoba untuk memasuki wilayah Tuhan. Singkat cerita, setelah menyesali perbuatannya tersebut, mereka pun berpetualang untuk mencari cara agar anggota tubuhnya bisa utuh seperti semula.