Musim kedua dari seri Free!. Pada awal tahun ajaran baru, Haruka dan yang lain bertemu dengan Rin di Akademi Samezuka untuk sebuah event pelepasan anggota murid kelas tiga. Setelah itu, dalam upaya untuk merekrut anggota baru, Goro membangun kembali Klub Renang Iwatobi, sehingga memberikan orang-orang kesempatan untuk menggunakan kolam renang indoor. Kemudian, Rin, yang telah menjadi kapten baru klub renang Samezuka terkejut saat seorang kenalan lama nya, Sousuke Yamazaki, menjadi murid pindahan di kelasnya.