Cerita terjadi di sebuah pulau, di mana “Fractale System” mulai runtuh. Suatu hari, Clain menemukan seorang gadis terluka bernama Phryne bawah tebing. Dia menghilang meninggalkan liontin. Clain menetapkan untuk perjalanan dengan gadis berbentuk avatar Nessa untuk mencari Phryne dan menemukan rahasia Sistem Fractale.