Season ke-2 dari seri FLCL. Bertahun-tahun telah berlalu sejak Naota dan Haruhara Haruko berpetualang bersama. Sementara itu, perang antara dua entitas yang dikenal sebagai “Medical Mechanica” dan “Fraternity” mengamuk melintasi galaksi. Hidomi, seorang gadis remaja yang percaya tidak ada yang luar biasa untuk diharapkan dari kehidupan biasa, sampai suatu hari ketika seorang guru baru bernama Haruko tiba di sekolahnya. Tak lama kemudian, Medical Mechanica menyerang kotanya dan Hidomi menemukan rahasia di dalam dirinya yang bisa menyelamatkan semua orang, rahasia yang hanya Haruko dapat membukanya. Tapi kenapa Haruko kembali ke Bumi? Apa yang terjadi pada Rickenbacker 4001 yang ditinggalkannya dengan Naota? Dan di mana robot tipe manusia “Canti” pergi?