Dua tahun setelah kejadian di Final Fantasy VII, pemulihan atas kerusakan pada planet Gaia akibat Meteor yang hampir menghancurkan sang planet mulai diupayakan, saat itu penduduk Midgar yang berhasil bertahan hidup mendirikan sebuah kota baru di bagian luar kota Midgar (kota itu bernama Edge). Namun, munculnya sebuah penyakit yang disebut Geostigma (星痕症侯群 Seikon Shōkōgun?, lit. Sindrom Luka Planet), membuat penghuni planet Gaia menderita akibat penyebarannya yang sangat cepat, terutama anak-anak yang paling rentan terhadap penyakit berbahaya ini.