Final Fantasy: The Spirits Within mengambil tempat di bumi yang dipenuhi alien pada tahun 2065. Manusia yang tersisa hidup di dalam “kota-kota pelindung” di penjuru dunia dan berusaha membebaskan planet mereka dari para Phantom, sebuah ras alien. Satu-satunya harapan bagi planet datang dari ilmuwan Aki Ross dan mentornya (Dr. Sid) yang berencana menghancurkan Phantom tanpa merusak planet, tapi seorang jendral bernama Hein berkeinginan menggunakan meriam luar angkasa Zeus untuk menghancurkan Phantom—walau itu berarti dalam prosesnya dapat menghancurkan bumi.