Fuyuki adalah Kota yang dikelilingi oleh laut dan pegunungan menjadi setting untuk ritual kuno. Untuk mewujudkan mitos Holy Grail, yang dikatakan dapat mengabulkan setiap keinginan dari pemiliknya, tujuh master diberikan tujuh roh pahlawan yang dipilih oleh Grail. Roh-roh pahlawan itu adalah: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assasin, Berserker.Setiap master akan memiliki kontrak dengan pahlawan yang ditugaskan dalam pertempuran master dengan tujuan membunuh master / pahlawan lainnya sampai mati dan menyisakan hanya satu pasangan master dan pahlawan …Ini adalah perang “Holy Grail” Cerita ini berfokus tokoh utama Rin Tohsaka.

Setelah kematian ayahnya, Rin memasuki Holy Grail yang merupakan Perang Suci sebagai satu-satunya pewaris dari keluarga sihir Tohsaka, dengan pahlawannya Archer. Tapi, ia segera mengetahui bahwa Shirou Emiya, seorang anak dari SMA-nya telah terlibat dalam pertempuran dan tiba-tiba menyelamatkan dia ketika dia terluka parah. Setelah itu, Rin melakukan aliansi dengan master yang ikut dalam Holy Grail bersama dengan Shirou dan pelayannya Saber. Dan cerita dimulai untuk mengeksplorasi kebenaran di balik kekuatan Shirou.