Shinji Ikari (Megumi Ogata, Makoto Naegi di Danganronpa) terbangun dari tidurnya selama 14 tahun dan menyadari bahwa dunia yang ia tempati sekarang bukanlah dunia yang dulu ia kenal. Orang-orang yang dulunya berusaha ia lindungi malah berbalik ingin membunuhnya, gadis yang ia sayangi; Rei Ayanami (Megumi Hayashibara, Ai Haibara di Detektif Conan) menghilang. Di tengah keputusasaannya, Shinji bertemu dengan seorang pemuda bernama Kaworu Nagisa (Akira Ishida, Byakuya Togami di Danganronpa). Shinji, bersama Kaworu, berusaha untuk mencari secercah harapan untuk merubah masa lalu, mengampuni dosa-dosanya serta “mendapatkan” kembali Rei, namun, dalam perjuangannya untuk mencari harapan itu juga berpotensi untuk menyelesaikan hal yang telah ia mulai 14 tahun yang lalu; yaitu akhir dari dunia.