Setelah dampak kedua, semua yang tersisa dari Jepang adalah Tokyo-3, sebuah kota yang diserang oleh makhluk raksasa yang berusaha untuk membasmi jenis manusia, yang disebut Angels. Setelah tidak melihat ayahnya selama lebih dari delapan tahun, Shinji Ikari menerima panggilan telepon di mana ia diperintahkan untuk segera datang ke Markas NERV, sebuah organisasi yang berhubungan dengan kehancuran Malaikat melalui penggunaan mesin raksasa yang disebut Eva. Tujuan Shinji adalah untuk pilot Eva Satuan 01 sementara bekerja sama dengan Eva Satuan 00 percontohan, Ayanami Rei.