Diclonius, sebuah homosapien yang bermutasi dikatakan dipilih oleh Tuhan dan akhirnya akan menjadi kehancuran umat manusia, memiliki dua tanduk di kepala mereka dan memiliki “indra keenam” yang memberikan mereka kemampuan telekinetic. Karena kekuatan ini berbahaya, mereka ditangkap dan terisolasi di laboratorium oleh pemerintah. Lucy, seorang Diclonius muda dan psikotik, berhasil membebaskan diri dari ruang isolasi dan mengamuk brutal dengan banyak pembunuhan sebagian besar korbannya penjaga di laboratorium di mana dia ditahan. Dia jatuh dari tebing ke laut dan berhasil hanyut bersama ke pantai di mana dua remaja, Kouta dan Yuka, menemukan dia. Setelah kehilangan ingatannya, ia dinamai , “Nyuu,” dan mereka berdua mengizinkannya untuk tinggal di rumah Kouta. Namun, tampak bahwa sisi negatif Lucy belum hilang.