Sebagian besar adegan film ini mengambil tempat di kapal Aegis, bekerja sama dengan Menteri Pertahanan dan Pasukan Bela Diri Maritim Jepang. Mayat seorang anggota Pasukan Bela Diri ditemukan tanpa lengan kiri dan seorang intel telah masuk ke kapal tersebut. Ran berada dalam situasi sulit, dan Conan terpaksa melawan Spy “X” yang berbahaya itu.