Awal cerita menunjukkan seorang anak genius bernama Hiroki bunuh diri setelah semua tekanan diletakkan padanya, meninggalkan program bernama “Noah’s Ark”, yang tumbuh 5 tahun hanya dalam 1 tahun. Sekarang, Conan, Ai, Ran, dan Grup Detektif Cilik adalah 6 dari 50 anak yang terpilih untuk mencoba sebuah permainan maya. Ada berbagai petualangan yang dapat dipilih. Sementara itu, terjadi pembunuhan di dunia nyata dan pesan kematian yang ditinggalkan korban adalah “JTR” yang mengacu pada “Jack the Ripper” yang ada dalam permainan maya itu.