Di tahun 2100 dimana dunia diikat bersama oleh jaringan komputer. Anak-anak dunia menjadi Web Divers, mengadaptasi kesadaran mereka menjadi data, dan cinta untuk bermain bersama di taman cyber yang disebut Magical Gate. Namun, virus komputer misterius muncul dan mulai menghancurkan Magical Gate dari dalam ke luar. Di dunia maya, program yang disebut Web Knights telah diciptakan untuk melindungi anak-anak. Tapi, virus komputer telah mengubah semua Web Knights menyerang anak-anak.Satu satunya Web Knights untuk menyelamatkan dari “brainwashiing” (pencucian otak) adalah Gladion. Gladion-pun meminta bantuan kepada Yuki Kento, seorang Web Diver yg duduk dikelas 4 sd.