Sebuah gempa besar mengguncang Jepang dan menghancurkan sebagian besar wilayah Tokyo, menenggelamkan sepertiganya ke lautan. 10 tahun kemudian, seorang bocah bernama Igarashi Ganta dijebloskan ke penjara setelah insiden kejam di mana seluruh isi kelasnya dibantai secara sadis, dan Ganta pun malah dijadikan tersangka pada peristiwa tersebut. Dan akhirnya hidup di penjara pun membuat kehidupan Ganta berubah drastis.