Musim kedua atau cerita Lanjutan dari Darker than Black. Pada kelanjutannya, Hei dan Yin sekarang dalam pelarian setelah mengkhianati Syndicate di musim sebelumnya. Setelah meninggalkan Jepang, Hei bertemu Suou Pavlichenko, seorang gadis Eurasia 13 tahun yang menjadi terlibat dalam perang dan politik dari berbagai faksi dan Kontraktor bersaing untuk kekuasaan. Sementara itu, gerbang neraka tetap berdiri di Tokyo, setelah upaya Hei untuk menghentikan Cincin anti-Gate senjata partikel Saturnus dari activating. Meskipun Kontraktor masih aman dari bahaya karena keberadaan mereka terhapus, hal ini tidak mencegah Kontraktor baru dan lama menyalahgunakan kekuasaan mereka. Seperti Misaki Kirihara dan timnya di Biro Keamanan Umum berurusan dengan kasus Kontraktor meningkat, dia juga harus menjaga Syndicate di teluk, yang memiliki posisi utama dalam polisi Jepang dan biro intelijen di seluruh dunia. Pengaturan alur cerita terutama terjadi di Jepang dan Rusia..