Cerita berlatar di Inggris setelah Perang Dunia I, Hugh Anthony Disward atau Huey, seorang mantan tentara suatu hari mendapat surat wasiat dari kakeknya yang telah meninggal bahwa dia mendapat warisan berupa sebuah mansion dan perpustakaan pribadinya. Akan tetapi, untuk bisa mendapat warisan itu, ia harus menjaga Dantalian no Shoka (Bibliotheca Mystica de Dantalian). Dantalian no Shoka adalah perpustakaan yang berisi 900.666 buku-buku yang memiliki kekuatan magis yang disebut Genshou (Phantom Books). Pada saat ia berada di rumah kakeknya, ia menemukan seorang gadis kecil yang bernama Dalian. Dalian (Kuro no Yomihime / Black Biblioprincess) adalah penjaga Dantalian no Shoka. Setelah disetujui oleh Dalian sebagai penjaga kuncinya, Huey bersama dengan Dalian menyelidiki kejadian-kejadian yang berkaitan dengan orang-orang yang menyalahgunakan Genshou dan menggunakan kekuatannya sebagai penjaga kunci untuk menyegel kekuatan Genshou itu dan mengembalikannya ke perpustakaan