Demi menyelamatkan dunia dari kekacauan. Pondasi Masa Depan dibentuk. Meski organisasi ini terus berusaha memulihkan dunia, Makoto Naegi tetap dituduh berkhianat karena dia melindungi sisa-sisa Zetsubou. Para anggota Pondasi Masa Depan pun berkumpul untuk memutuskan hukumannya, tapi mereka malah terjebak di dalam permainan Monokuma, permainan di mana saling bunuh membunuh kembali terjadi.