Bercerita tentang Shiomi Academy, sebuah sekolah SMA elit yang menawarkan sebuah badan mahasiswa sebanyak 50.000 orang dan merupakan rumah bagi Shiomi Daitoshokan (Perpustakaan Besar). Dan ada sebuah legenda yang terkenal di sekolah tersebut yaitu sosok misterius yang disebut “The Shepherd” yang muncul saat seorang siswa yang sedang berkerja keras untuk mencapai sesuatu dan dia akan memberikan sebuah harapan kepada siswa tersebut.

Kyotarou Kakei adalah siswa kelas dua di Akademi Shiomi dan dia juga merupakan seorang kutu buku. Dia selalu membaca di mana saja bahkan isi tas nya hanyalah buku-buku yang akan dia baca, Dia juga mempunyai satu cita-cita yaitu membuat orang lain suka membaca. Suatu pagi Kyotarou mendapat email aneh dari ‘The Shepherd’ yang mengatakan kepadanya bahwa ada sesuatu yang akan terjadi padanya yang akan mengubah nasibnya. Hal tersebut membuat Kakei penasaran dan mulai mencari tahu apa yang akan terjadi sampai ketika dirinya menyelamatkan seorang gadis bernama Tsugumi Shirasaki. Kyotarou juga menemukan tiga anggota baru yang bergabung dengan klub perpustakaan yang juga terlibat dalam “Happy Project” Tsugumi. Dan sebetulnya apa itu “Happy Project” Tsugumi.