Dua puluh tahun semenjak pohon sakura abadi di Hatsunejima berhenti berbunga, secara misterius pohon itu kembali berbunga dan mengeluarkan fenomena ajaib. Di zaman kontemporer, Kiyotaka Yoshino dan teman-temannya di Klub Koran SMA Kazami menyelidiki fenomena misterius ini, termasuk membuka fakta masa lalu Hatsunejima yang terpendam. Kelanjutan dari Da Capo I dan Da Capo II.