Pohon Sakura yang abadi telah kembali. Berdasarkan sekuel dari PS2 dari serial game Da Capo asli, cerita sekali lagi terjadi pada Hatsunejima, tetapi diatur 53 tahun setelah peristiwa DC dan DCSs. Meskipun beberapa karakter mungkin akan terlihat sedikit akrab, para pemain yang baru juga ditambahkan. Protagonis utama yang baru adalah Yoshiyuki Sakurai, yang tinggal bersebelahan dengan saudara Asakura Yume dan Otome yang merupakan cucu dari Junichi dan Nemu dari serial musim pertama.