Pada tahun 2071 di masa depan, manusia terusir dari dunia tempat tinggal mereka. Umat manusia lalu memilih bintang-bintang lain sebagai perbatasan akhir mereka. Dengan datangnya berbagai ras dan manusia dari banyak bagian-bagian bekas negara yang telah runtuh, mereka menyebar ke bintang-bintang dengan membawa konsep kebebasan, kekerasan, ilegalitas dan cinta yang rancu. Sehingga peraturan baru dan generasi baru penjahat pun muncul. Orang-orang memanggilnya dengan sebutan Cowboy. Berkisah tentang Spike dan Jet, orang melarat dan polisi cyborg yang memulai operasi mengejar buronan dengan imbalan. Bersama kapal modifikasi yang dinamai “The Bebop”, Spike dan Jet menjelajah galaksi untuk memburu para kriminal dengan imbalan yang terpasang pada mereka. Bertemu dengan banyak karakter yang tak biasa, termasuk anjing pintar tak biasa, Ein, serta wanita seksi, menggoda namun menjengkelkan, Faye Valentine.