Satu tahun telah berlalu sejak Hitam Pemberontakan, pemberontakan yang gagal terhadap Kudus Britannian Empire yang dipimpin oleh bertopeng main hakim sendiri Nol, yang kini hilang. Pada kerugian tanpa pemimpin revolusi mereka, Area 11 ini perlawanan kelompok-Black Knights-menemukan diri mereka terlalu berdaya untuk memerangi kejam yang dilakukan pada Elevens oleh Britannia, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan pemberontakan masa depan. Lelouch Lamperouge, setelah kehilangan semua memori dari kehidupan gandanya, hidup damai berdampingan teman-temannya sebagai mahasiswa sekolah tinggi di Ashford Academy. mantan pasangan C.C., tidak dapat menerima keadaan ini, mengambil pada dirinya untuk mengingatkan dia tentang tujuan masa lalunya, berharap bahwa dalang Nol akan naik sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang dia mulai, dalam kesimpulan mendebarkan ini untuk seri.