Film yang dibuat untuk menceritakan kembali tentang Code Geass: Lelouch of the Rebellion. Bercerita tentang pemberotakan Lelouch terhadap negara Britania yang merupakan negara adikuasa di dunia. Lelouch adalah mantan seorang Pangeran Mahkota Britania, namun dia dibuang ke Jepang oleh ayahnya karena memberontak atas kematian ibunya. Lelouch dan adiknya Nunnally dibuang ke Jepang sebagai tahanan dan hidup bersama P.M. Jepang. Setelah sekian tahun kekalahan Jepang, Lelouch menyimpan dendam terhadap Britania karena telah membuangnya. Saat peristiwa pemberontakan oleh teroris asal Jepang, Lelouch tidak sengaja terlibat kasus itu dan bertemu dengan C.C seorang penyihir yang ditangkap oleh Britania. C.C memberikan Lelouch kekuatan yang bisa membuat orang lain menuruti perintahnya. Lelouch sadar akan kekuatannya yang luar biasa, lalu dia kembali berambisi untuk menghancurkan Britania dengan memanfaatkan teroris Jepang yang ingin merdeka terhadap Britania.