Cerita ini bertempat di Eropa tahun 2017, perang antara Euro Britannia dan Uni Eropa (UE ) terus berlanjut. Mengalami kerugian, E.U. yang tentara mendirikan sebuah tim khusus yang terdiri dari Jepang Elevens – diasingkan yang negara mereka diduduki oleh Britannia dikenal sebagai W – 0 Satuan . Dan kemudian , pesanan baru diberikan ke W – 0 Satuan . Isi kejam mereka memerintahkan mereka untuk mendarat di tengah-tengah musuh sebagai pengalih perhatian . Para pilot dari W – 0 Satuan hanya terdiri dari komandan , Leila , satu-satunya yang masih hidup Jepang dari pertempuran terakhir mereka , Akito , dan tiga yang lolos dari ghetto Eleven dan tinggal di bawah , Ryou , Yukiya , dan Ayano . Dengan semua orang memegang harapan masing-masing , operasi bergerak maju .

Di sisi lain di Euro Britannia , Shin , yang membuat dia dermawan bunuh diri dengan kekuatan misterius ” Geass ” , ditunjuk pemimpin Knights of St Michael . Sebagai Shin terus kemajuan demi ambisinya sendiri , ia dan anak buahnya di skuad Asyura diberikan perintah untuk menyebarkan . Salah satu yang hidup untuk melawan , dan salah satu yang berjuang untuk hidup .Di tengah-tengah medan perang yang sangat mengerikan , Akito dan Shin akhirnya saling berhadapan sebagai Akito menampilkan kekuatan menakutkan yang sebenarnya.