Bercerita tentang Mato Kuroi yang pada hari pertama SMP kebetulan bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan sepertinya dia suka dengan gadis tersebut. Mato mencoba yang terbaik untuk PDKT dengan Yomi, yang ingin berteman dengannya. Awalnya dia dihindari tapi esnya pecah saat Yomi kebetulan memperhatikan seekor burung biru dekoratif yang menempel pada telepon Mato, yang berasal dari buku “Li’l Birds At Play”. Menemukan mereka memiliki kepentingan bersama, keduanya membentuk persahabatan yang kuat. Anime ini berfokus pada dua dunia, di mana salah satunya terdapat gadis pengembara dengan rambut hitam legam, pakaian serba hitam dengan mata bersinar berwarna biru. Dia bernama Black Rock Shooter. Di sisi lain, seorang siswi SMP bernama Kuroi Mato. Dunia dunia, Mato dan Black Rock Shooter. Ini adalah kisah dari “rasa sakit” mereka.