Berlatar 10 tahun setelah cerita seri Basilisk: Kouga Ninpou Chou. Kouga dan Iga adalah dua klan ninja yang telah bertarung lebih dari 400 tahun. Kouga Gennosuke dan Iga Oboro yang saling mencintai, berusaha untuk menghentikan pertarungan yang telah lama terjadi. Akan tetapi mereka ternyata ditakdirkan untuk saling membunuh. (1614) Untuk memutuskan siapa yang akan menajadi penggantinya Ieyasu Tokugawa harus memilih diantara Takechiyo atau Kunichiyo bersaudara. Takechiyo lebih tua tetapi bodoh, sedangkan Kunichiyo adiknya lebih pandai.Untuk itu Ieyasu Tokugawa memerintahkan agar Kouga dan Iga saling bertarung dengan masing-masing harus menyediakan 10 pertarung terbaiknya. Jika Kouga memenangkan pertarungan maka Kunichiyo yang akan menjadi pengganti Ieyasu Tokugawa dan menjadi Shogun, sebaliknya jika Iga yang memenangkan pertarungan Takechiyo yang akan menggantikan Ieyasu Tokugawa sebagai Shogun berikutnya.