Cerita ini berlatarbelakang New York tahun ’80an, dimulai saat bos preman New York yang berkarisma, Ash Lynx, dititipi wasiat seorang sekarat sebuah alamat dan sepatah kata ‘Banana Fish’. Dalam perjalanannya menemukan arti dibalik Banana Fish itu, Ash dipertemukan banyak orang dan akhirnya ia berkenalan dengan Eiji Okumura, yang sampai akhir cerita jadi sahabat terbaiknya.