Cerita ini berpusat pada Akihisa Yoshii, ‘baka’ dari judul cerita yang membagi kelas-kelas di sekolahnya berdasarkan hasil tes. Yang paling pintar di kelas A yang dilengkapi dengan fasilitas yang lengkap dan yang paling bodoh di kelas F, dengan meja bobrok dan segala fasilitas yang serba kekurangan. Seorang gadis bernama Mizuki Himeji sebenarnya salah satu gadis terpandai, tapi dia demam pada hari tes dan terpaksa masuk ke kelas F. Selain itu Mizuki, yang diam-diam mencintai Akihisa, kelas F juga memiliki Yuuji Sakamoto, ketua kelas yang bersahabat dengan Akihisa dan mitra kejahatannya pastinya. Sekolah kebetulan memiliki eksperimen yang dikembangkan untuk memanggil makhluk khayalan, dan Akihisa memutuskan untuk menguji kelas F agar menghadapi kelas yang lebih pintar dan jika mereka kalah, fasilitas tunjangan mereka akan disita. Kelas F menggunakan makhluk panggilan mereka dalam pertempuran secara habis-habisan untuk keunggulan kelas mereka.