Pada tahun 2039, pemanasan global telah mengakibatkan naiknya permukaan air laut sehingga banyak daratan yang tenggelam. Pada saat itu, muncul sekelompok kapal perang bernama “Armada Kabut” yang mulai menyerang kapal-kapal manusia. Meski umat manusia mengerahkan seluruh kemampuannya, mereka selalu dikalahkan oleh kekuatan tempur Armada Kabut yang sangat luar biasa. Semua jalur perdagangan diblokir, ekonomi politik hancur, dan umat manusia perlahan-lahan mulai punah. Tujuh tahun kemudian, kapal selam I-401 milik Armada Kabut muncul di hadapan kadet Chihaya Gunzou. Alih-alih membunuhnya, wujud manusia dari kapal tersebut malah menawarkan bantuan bagi umat manusia.