Alur cerita ini dimulai dari sebuah kisah 26 tahun yang lalu [1972], ada seseorang bernama Misaki Yomiyama yang bersekolah di sekolah Yomiyama North Middle School. Dia telah populer semenjak kelas 7. Dia pintar dan memiliki pribadi yang menarik. Ketika dia naik kelas 9, Misaki meninggal karena sebuah kecelakaan. Semua orang terkejut. Tapi tiba-tiba ada salah seorang murid yang menunjuk meja Misaki dan mengatakan “Misaki ada disana. Dia tidak mati.” Hingga pada akhirnya seluruh kelas 9 percaya bahwa Misaki masih hidup. Hal itu berlanjut sampai mereka wisuda. Bahkan Kepala Sekolah tersebut, menyediakan kursi kosong untuk upacara kelulusan Misaki. Kemudian alur cerita berlanjut ketahun selanjutnya , tahun 1988, musim semi. Sakakibara Koichi [15 tahun] pindah dari kota Tokyo ke Yomiyama. Ia tinggal disana bersama kakek dan neneknya beserta bibinya Reiko, sementara ayahnya berada di India. Sakakibara merupakan murid transferan, ia kini disekolahkan di sekolah Yomiyama North Middle School. Tapi ia tidak kesekolah di hari pertama beberapa minggu karena sakit. Ketika dirumah sakit ia dikunjungi oleh ketiga teman sekelasnya yang bernama Izumi Akazawa yang merangkap sebagai …, Yukari Sakuragi dan Tomohiko Kazami. Ketika Sakakibara keluar dari ruangannya hendak menuju lift, ia tak sengaja bertemu seorang gadis, sebelah matanya tertutup, dan ditangannya ada sebuah boneka, tak lupa gadis itu memakai seragam yang sama dengan seragam sekolahnya. Gadis itu bernama Mei Misaki.